Una característica que ha tenido la vida de los capuchinos en la Misión ha sido la vivencia de la fraternidad colectiva, podíamos llamarla; es decir, más que en las fraternidades locales (que han sido poco numerosas), los hermanos se han encontrado para la formación permanente, para tratar temas concernientes a la vida de la Orden. Junto a esto, como hasta los años 80 la Misión estuvo dirigida casi exclusivamente por capuchinos; las reuniones de pastoral eran también reuniones de capuchinos.

Voy a señalar algunos momentos muy especiales en que los capuchinos de Aguarico han tenido encuentros fraternos.

• 1961: reunión de superiores y de todos los hermanos con el Ministro Provincial Florencio de Artabia.
• 1967: las mismas reuniones con el Padre Francisco de Arizcun, que visita como Ministro Provincial la Misión.
• 1969: reunión con el Ministro General Padre Clementito de Vlissingen.
• 1971: animación franciscana: El Padre Lázaro Iriarte dirige una semana de franciscanismo.
• Por estos años el Padre Ignacio Larrañaga dio ejercicios a los capuchinos de Ecuador y se reunieron con él los misioneros de Aguarico para hacer un discernimiento franciscano sobre puntos concretos referentes a la actuación en la Misión.
• 1977: el Padre Juan Miguel Mendía, Ministro Provincial, da charlas sobre renovación franciscana.
• 1979: Padre Rufino Grández, Ministro Provincial, dirige los ejercicios espirituales.
• 1991: Padre Miguel Mª Andueza dirige los ejercicios espirituales.