1900-1920: Con la expulsión de los jesuitas quedó abandonada eclesiásticamente la región de Napo. En septiembre de 1896 sólo permanecían en el Napo tres sacerdotes jesuitas: Padre Mauricio Detroux, Padre Francisco López y Padre José Mª Sánchez con el Hno. Sebastián Chávez. Desde Gobiernote Quito reciben una oren perentoria.
“Por orden el Consejo de Ministros, Encargado del poder ejecutivo, sírvase usted notificar a todos los jesuitas residentes en la Provincia del Oriente, la orden de abandonar el país por vía del Brasil o de Iquitos, en el plazo máximo de cuatro días”
Los cuatro misioneros salieron por el río Aguarico y bajar al San Miguel y entrar al Putumayo. Pudieron llegar con vida a Pasto para celebrar la Navidad.
¿Quién reemplazó a los jesuitas durante los cinco primeros nuestros el siglo XX?
En 1897 estuvo consumada la separación definitiva de los jesuitas del Vicariato del Napo. El arzobispo de Quito nombró a dos sacerdotes
Después del tratado de límites, llamado de Muñoz Vernaza-Suárez, entre Ecuador y Colombia, celebrado el 15 de julio de 1916, cuando la Comisión demarcadora concluyó sus labores y quedaron ratificados los límites, en Cartagena, el 9 de julio de 1919, la Iglesia vio la necesidad de proveer de misioneros a la región fronteriza. Y así se crea la Prefectura Apostólica de Sucumbíos el 16 de abril de 1924, que comprendía los territorios de Aguarico, San Miguel de Sucumbíos y Putumayo. El año 1929 fue encomendado todo este territorio a los padres Carmelitas. El 28 de febrero de 1929 llegaban a Rocafuerte, un pequeño caserío cercano a una guarnición de soldados que vigilaban la frontera frente a un puesto militar de Perú, llamado Cabo Pantoja. Sólo un año permanecieron los Carmelitas en Rocafuerte.
El año 1932 el obispo josefino Mons. Cecco hace un viaje por el río Aguarico, llegando hasta Rocafuerte. Allí prometió a los moradores enviarles un misionero. En 1941 los peruanos invadían la población de Rocafuerte 1944 el Gobierno ecuatoriano pedía a la Misión josefina fundase una residencia frente a la Guarnición militar peruana de Yasuní. Así nació Nuevo Rocafuerte. En 1945 se creó el cantón Aguarico. El 12 de abril de 1951 la Congregación de Propaganda da un decreto por el que el Cantón Aguarico pasa a pertenecer al Vicariato del Napo, desmembrándolo de la Prefectura de Sucumbíos de los Padres Carmelitas.
